Реализация технических решений с учетом особенностей исследовательских задач и оснащенности научного подразделения осуществляется с использованием стандартных программных блоков, входящих в комплекс Neosemantic-Bio и среды разработки Neosemantic Framework (biosyntelligence.oookub.ru).
НАУЧНОЕ СОТРУДНИЧЕСТВО С КОМПАНИЕЙ МИТ МФТИ
Компания ООО "КуБ" плодотворно сотрудничает с дочерней компанией Московского физтеха. Область сотрудничества - создание аппаратно-программных биосенсорных комплексов для выполнения медико-биологических исследований, развитие сервисов для математической обработки результатов масс-спектрометрических измерений высокого разрешения, создание проблемно-ориентированных биоинформационных ресурсов и многое другое.
НЕОСЕМАНТИКА
В настоящее время стремительно увеличивается объем научно-технической информации, особенно в области наук о жизни. Каждые четыре года число публикаций в сфере биомедицины во всем мире возрастает в два раза. Как сделать, чтобы объективная информация не затерялась, чтобы нужные достижения были восприняты? Решение основано на использовании баз знаний как инструмента глобальной системы информационного обмена. Специалистами компании была разработана уникальная технология сбора и обобщения знаний в научной сфере, которая позволяет создавать информационные пространства рабочих групп и фокусировать информацию в сфере интересов пользователей. Ваше видение научной проблемы станет доступно каждому пользователю информационной системы в формате базы знаний (ProContent, BiblioEngine). Скачать буклет в формате pdf.
Совместно с ИБМХ выполнено семантическое картирование, включающее текстовый анализ научных статей в библиометрической базе данных PubMed с использованием программного обеспечения Biblio Engine v2018. Семантическая карта, созданная на основе опубликованных работ, позволяет проследить научные изыскания в анализируемой области, а также спрогнозировать перспективные направления научных исследований. (Advances in Bioinformatics, 2018, https://doi.org/10.1155/2018/4625394. Creation of Individual Scientific Concept-Centered Semantic Maps Based on Automated Text-Mining Analysis of PubMed. Ekaterina Ilgisonis, Andrey Lisitsa, Valerya Kudryavtseva, and Elena Ponomarenko)
Программно-технический комплекс на базе персональных супер-ЭВМ
 |
Программно-технический комплекс включает 4 рабочих места на основе графических процессоров вычислительной подсистемы NVidia Tesla, объединенных центром обработки данных (ЦОД). Решение позволяет повысить эффективность выполнения научно-исследовательских работ в области биомедицины и биотехнологии. В составе ЦОД функционирует база знаний, в рамках который с использованием интеллектуального анализа данных научные задачи пользователя решаются с привлечением информации из внешних источников, таких как Entrez, UniProt, ProteinAtlas и многие другие. Для достижения совместимости данных применяются контролируемые словари BioTagger. Комплекс может применяться для научных и научно-образовательных целей. Совместная разработка с Научно-образовательным центром «Параллельные вычисления» - (г. Дубна) Аппаратные решения для инсталляции программно-технического комплекса предоставляет компания Дата-технологии |
УНИВЕРСАЛЬНЫЙ ИНТЕРФЕЙС
Неуклонно растущее количество ресурсов по молекулярной биологии обрабатывается с помощью «thinking engine», где сеансы работы пользователя интегрируются в так называемые области знаний. «Персональная референсная панель» является примером программного обеспечения когнитивной биоинформатики. Программа информирует пользователя о наличии сведений, связанных с его научной активностью, позволяет автоматизировано выявлять и предлагать пользователю нетривиальные и интересные гипотезы.
.jpg) |
Технологии когнитивной биоинформатики [1] применяются для создания инфраструктуры интенсивного научного поиска на базе результатов, полученных с применением постгеномных технологий. В основе проектного решения находится высокопроизводительный аппаратно-программный комплекс, предназначенный для полногеномного анализа (Illumina\SOLID), исследований транскрипции (Agilent, ABI), получения протеомных и метаболомных данных (ABscie, Bruker Daltonics). С использованием «Панели знаний» (Knowledge Dashboard), результаты, получаемые в высокопроизводительном режиме, становятся доступны широкому кругу пользователей, выполняющих исследования в области молекулярной медицины. Реализация виртуальной лаборатории возможна на базе нескольких учреждений, интегрированных вокруг Центра коллективного пользования уникальным оборудованием. |
 |
RESTful BioCurations (ReBiC) – незаменимый биоинформатический сервис для интеграции и анализа разнообразной информации, накопленной современной молекулярной биомедициной. На платформе ReBiC пользователь имеет возможность (1) создания собственных баз данных, (2) подключения к различным источникам информации и (3) управления содержанием баз данных. С помощью ReBiC пользователь может анализировать и интерпретировать мультилабораторные исследования, при этом визуализация анализа осуществляется посредством консолидированной цветной матрицы. Платформа ReBiC обеспечивает развитие наукоемких ресурсов (Product info, Quick Guide).
|
IdentiPROT – онлайн-платформа для работы с данными панорамного протеомного анализа смесей протеолитических пептидов и количественной идентификации белков.
"Разработка Интернет-доступного сервиса поисковой протеомной машины для идентификации белков живых организмов"
Соглашение о предоставлении субсидии № 14.576.21.0073 от 05.11.2014г. (Отчет 1 этап, Отчет 2 этап, Отчет 3 этап)
2014-2015
Рук. Горшков М.В.
ООО "КуБ" приняла участие в научно-исследовательской работе, посвященной протеомному профилированию плазмы крови больных хронической церебральной ишемией (Journal of Molecular Neuroscience, 2018). В результате выполнения работы был выявлен белковый профиль, специфичный патологии. В его состав были отнесены 44 белка, включая 13 белков, содержание которых в образцах больных ишемией повышено по сравнению с образцами здоровых добровольцев, а также 31 белок, выявленные только в образцах пациентов с ишемией и не обнаруженные в серии контрольных образцов. Белки профиля участвуют в процессах поддержания гомеостаза, включая разворачивание врожденного иммунного ответа и ответа организма на стресс, участвуют в каскаде свертывания крови.
.png)
