IdentiPROT – онлайн-платформа для работы с данными панорамного протеомного анализа смесей протеолитических пептидов и количественной идентификации белков.

Протеомная поисковая машина (ППМ) IdentiPROT решает задачу количественного и качественного анализа хромато-масс-спектрометрических данных в задачах протеомики, протеогеномики, поиска белковых маркеров заболеваний и клинической диагностики. ППМ устанавливается на общедоступном высокопроизводительном сервере организации с  для использования неограниченным количеством пользователей и не требует установки на индивидуальных пользовательских местах. Доступ ко всем функциональностям ППМ и работа с данными возможны как с офисных ПК, так и с мобильных устройств, имеющих выход в Интернет. Персональная учётная запись пользователя содержит датированный журнал всех анализов и их результатов. Серверная архитектура, реализованная в ППМ, даёт возможность постановки данных для анализа в очередь и не использует вычислительные ресурсы пользовательского рабочего места.

ППМ IdentiPROT обладает следующими функциональностями:

• Загрузка экспериментальных данных на сервер в стандартизованных форматах, рекомендованных Международной протеомной организацией HUPO, включая:

• ВЭЖХ-МС/МС спектры в форматах MGF и mzML
• референсные и персонализированные базы данных белков в формате FASTA
• повторное использование данных в новых поисках идентификаций

• Идентификация пептидов и белков, позволяющая максимально эффективно обрабатывать ВЭЖХ-МС/МС данные и осуществлять поиск спектральных идентификаций:

• одновременная обработка нескольких файлов ВЭЖХ-МС/МС данных протеомного анализа
• уникальный алгоритм автоматической оптимизации входных параметров
• автоматическое построение “декойных” баз белковых последовательностей
• поиск модификаций пептидов в режиме неизвестной локализации (поиск по массе)
• пользовательский выбор скоринг-функции

• Встроенная валидация – надежный контроль достоверности полученных идентификаций и безметочный количественный анализ белковых идентификаций:

• фильтровка идентификацийпо  FDR на заданном уровне (тандемные масс-спектры, пептиды и белки)
• повышение чувствительности поиска за счет использования комплементарных данных, получаемых в рамках одного протеомного анализа
• визуализация результатов поиска на спектральном и пептидном уровнях
• количественный анализ белков анализируемых смесей с использованием трех безметочных алгоритмов

• Вывод результатов:

• сохранение визуализированных данных для отчетов и презентаций
• составление и сохранение настраиваемых табличных отчётов
• сохранение результатов первичной идентификации в стандартном формате pepXML

В 2017 году разработчики ООО «КуБ» совместно с биоинформатической группой ИНЭПХФ РАН им. В.Л. Тальрозе разработали новую версию ППМ IdentiPROT 1.2. В предварительных тестах новая версия продемонстрировала эффективность поиска и идентификации белков, превосходящую все существующие поисковые протеомные машины. В настоящее время бета-версия ППМ IdentiPROT 1.2 проходит тестовые испытания в протеомных лабораториях Российской Академии Наук. Новые возможности для исследователей, предоставляемые версией 1.2 были достигнуты за счет следующих новшеств:

• разработана новая  скоринг-функция RNHS на основе усовершенствованого алгоритма скоринга спектральных идентификаций;
• улучшены методы валидации спектральных идентификаций и количественного анализа компонент анализируемых белковых смесей за счет повышения функциональности алгоритма расчета комплементарных экспериментальных данных MP score;добавлен функционал для протеогеномного анализа белковых образцов без использования персонализированных геномных баз данных методом эмуляции точечных мутаций;
• повышена производительность ППМ.

В 2017 году готовится в выпуску новое поколение ППМ IdentiPROT 2.0, расширяющие возможности исследователей для протеомного анализа. Для версии 2.0 был разработан уникальный интерфейс расширенного метода «пептидных отпечатков» (Peptide Mass Fingerprint – PFM) для полного протеомного анализа хромато-масс-спектрометрических данных без использования тандемной масс-спектрометрии. Метод проходит доработку и апробацию в лабораториях Институтов Российской Академии Наук. Новая версия ППМ IdentiPROT 2.0 будет доступна пользователям в начале 2018 года.

Пользователи ППМ IdentiPROT 1.1 могут скачать актуальную версию инструкции пользователя ППМ, а также Листовку и наглядную Презентацию по ППМ.
(Листовка, Инструкции пользователя Протеомной поисковой машины, Презентация).