Обработка масс-спектрометров на графических процессорах
Интегрированный центр "Информационные технологии, математическое моделирование и высокопроизводительные вычисления" МФТИ совместно с Computer Learning Research Center (University of London) представили программный продукт GPUtandem, являющийся модифицированной для работы на графический процессорах версией популярной программы идентификации белков по масс-спектрам X!Tandem.
На базе свободно-распространяемой програмым X!Tandem реализован программный комплекс GPUtandem, позволяющий проводить обработку масс-спектрометров на графических процессорах. Применение графических процессоров позволяет оптимизировать параметры алгоритма:
— определение оптимального значения peptide mass tolerance;
— увеличение количества идентифицируемых белков, идентификация продуктов альтернативного сплайсинга;
— повышение качества идентификации за счет выявления дополнительных пептидов.
Дополнительные возможности для пользователей GPU tandem:
— Веб-интерфейс с функцией пакетной обработки масс-спектров;
— возможность инсталляции на архитектуре MPI;
— автоматическое обновление полногеномных баз данных аминокислотных последовательностей UniProt, IPI, NCBInr;
— on-line сопоставление результатов идентификации с «Глобальной Протеомной Машиной»
На базе свободно-распространяемой програмым X!Tandem реализован программный комплекс GPUtandem, позволяющий проводить обработку масс-спектрометров на графических процессорах. Применение графических процессоров позволяет оптимизировать параметры алгоритма:
— определение оптимального значения peptide mass tolerance;
— увеличение количества идентифицируемых белков, идентификация продуктов альтернативного сплайсинга;
— повышение качества идентификации за счет выявления дополнительных пептидов.
Дополнительные возможности для пользователей GPU tandem:
— Веб-интерфейс с функцией пакетной обработки масс-спектров;
— возможность инсталляции на архитектуре MPI;
— автоматическое обновление полногеномных баз данных аминокислотных последовательностей UniProt, IPI, NCBInr;
— on-line сопоставление результатов идентификации с «Глобальной Протеомной Машиной»
— определение оптимального значения peptide mass tolerance;
— увеличение количества идентифицируемых белков, идентификация продуктов альтернативного сплайсинга;
— повышение качества идентификации за счет выявления дополнительных пептидов.
Дополнительные возможности для пользователей GPU tandem:
— Веб-интерфейс с функцией пакетной обработки масс-спектров;
— возможность инсталляции на архитектуре MPI;
— автоматическое обновление полногеномных баз данных аминокислотных последовательностей UniProt, IPI, NCBInr;
— on-line сопоставление результатов идентификации с «Глобальной Протеомной Машиной»
